长今将自己所研究学习的成果告知申益必和郑云白，希望得到支持可以帮中宗施行手术，但是所有的人并不支持长今的做法，长今苦无他法，眼见中宗病情每况愈下……中宗隐密下令.让内侍府的人将长今送到闵政浩被流配的地方，希望两人远走他乡，避免被朝廷官员追杀，但是长今坚持不愿离去，此时传来中宗驾崩的消息，各地已经张贴逮捕长今的布告...多年后长今和闵政浩结为连理，生下一女，但是还是过着颠沛流离的逃亡生活。

连生向皇后禀报得知长今的消息.皇后立即恢复两人身分，请两人回到宫廷，长今与多年不见的友人相见，喜极流泪。

大长今大结局：

长今和闵政浩成为了夫妻，还生了一个女儿。 皇上死后，世子继位不长时间就因病死了，结果皇后的亲生儿子继承皇位，皇后也就成为了太后，连生被皇后特别准许留在宫内生活。

大长今是一部史诗级韩剧，以女主人公朴仁妃为中心，讲述了她从一个普通女子到成为宫廷医官，并议政于后宫期间的故事。
这部剧情节奏紧凑，剧情跌宕起伏，展现了朝鲜时代的社会生活和文化传统，也奠定了它在亚洲电视剧界的地位。

剧情讲述了一代奇女子徐长今是如何通过自己的努力成为朝鲜王朝历史上首位女性御医，被中宗赐“大长今”称号的故事。